Fabian Rohner wechselte bereits als Zehnjähriger vom SV Höngg zum Stadtclub und schaffte 2017 den Sprung in die erste Mannschaft.
132 Pflichtspiele
Mit Ausnahme der Saison 2019/2020, als er zum FC Wil 1900 ausgeliehen war, lief er seither ausschliesslich für den FCZ auf. Insgesamt bestritt er für das Profiteam des FC Zürich 132 Pflichtspiele, wobei er zehn Tore schoss und 14 Vorlagen markierte.
Fabian Rohner lässt sich zum Wechsel wie folgt zitieren: «Ich bin sehr dankbar, dass ich so lange für den FC Zürich spielen durfte und danke allen für diese tolle Zeit. Unvergessen bleiben natürlich der Cupsieg 2018, der Meistertitel 2022 und der einmalige Support der Fans. Jetzt freue ich mich auf meine neue Herausforderung in Winterthur.»